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Tese

Utilização de análise bioinformática e validação por PCR quantitativa em tempo real na identificação da indução transcricional dos fatores de transcrição E2F1 e E2F4 em linhagens de glioblastoma (2011)

  • Authors:
  • Autor USP: DONAIRES, FLAVIA SACILOTTO - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGE
  • Subjects: NEOPLASIAS CEREBRAIS; BIOINFORMÁTICA
  • Language: Português
  • Abstract: O emprego da metodologia de microarranjos no estudo do câncer tem permitido a identificação de genes com alterações em seus perfis de expressão, os quais estão direta ou indiretamente envolvidos na etiologia dessa doença. O crescente número de publicações de experimentes de expressão gênica em repositórios de dados de microarranjos demonstra que, em geral, a limitação não está na quantidade ou qualidade desses experimentes, mas no processamento desses dados. Dessa forma, há a necessidade de desenvolver metodologias de bioinformática que sejam capazes de analisar tais perfis de forma integrada, incluindo no contexto da análise, dados provenientes de outros experimentas. O desenvolvimento do câncer tem sido associado principalmente a distúrbios nos mecanismos de controle do ciclo celular, cujas vias são dependentes de uma maquinaria transcricional e de seus elementos regulatórios; entre estes últimos, os fatores de transcrição (FTs) têm sido estudados como potenciais alvos para a terapia molecular. No presente trabalho, um conjunto de dados de microarranjos realizados a partir de amostras de glioblastoma foi obtido em repositórios públicos (GEO e ArrayExpress). O teste estatístico SAM foi aplicado aos dados e os genes diferencialmente expressos (FDR‘< OU =’0,05), induzidos em glioblastoma (1.830 genes), foram submetidos a uma análise de associação a FTs (programa FatiGO+), a qual associou os FTs HNFIA, IRF7 e E2F (p‘< OU =’0,05) aos genes induzidos. Adicionalmente, a lista de genes foi submetida a uma análise de associação a um banco de dados de assinaturas transcricionais do software TBrowser, extraídas de diversos experimentes de microarranjos do GEO. Como resultado, 7.910 assinaturas foram associadas (p‘< OU =’0,01), sendo que as cem primeiras também foram relacionadas a FTs por meio de ferramentas disponibilizadas no próprio TBrowser. Os FTs E2F1e E2F4 foram associados a mais de 80% das assinaturas analisadas. Dessa forma, ambas as análises apontaram o FT E2F, mais especificamente E2FI e E2F4, como associados à lista inicial de genes fornecida pelo SAM. A expressão de E2F1 e E2F4 foi avaliada por meio da técnica de RT-PCR quantitativa em tempo real em amostras de RNA de sete linhagens de glioblastoma (T98, U251, U138, U87, U343, MO59J e MO59K). Interessantemente, ambos os genes foram apontados como superexpressos em todas as linhagens, a maioria com significância estatística. A família de FTs E2F apresenta papéis importantes no controle da proliferação celular e apoptose. Alguns membros aluam como oncogenes, e outros, como genes supressores de tumor, dependendo do contexto molecular nos quais se encontram. Muitos trabalhos da literatura têm apontado a importância desses FTs, especialmente E2F1, no processo de tumorigênese. Com base nos resultados obtidas no presente trabalho, o status de expressão (indução) de E2F1 e E2F4 é provavelmente associado ao glioblastoma. Esses FTs podem influenciar a expressão de uma série de genes cruciais, frequentemente alterados nessa doença, o que ainda requer um estudo mais detalhado, visando à validação desses FTs como biomarcadores, ou até mesmo como alvos moleculares que possam ser empregados no estabelecimento de novas modalidades de terapias
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 14.07.2011
    • How to cite
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    • ABNT

      DONAIRES, Flávia Sacilotto. Utilização de análise bioinformática e validação por PCR quantitativa em tempo real na identificação da indução transcricional dos fatores de transcrição E2F1 e E2F4 em linhagens de glioblastoma. 2011. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2011. . Acesso em: 20 abr. 2024.

    • APA

      Donaires, F. S. (2011). Utilização de análise bioinformática e validação por PCR quantitativa em tempo real na identificação da indução transcricional dos fatores de transcrição E2F1 e E2F4 em linhagens de glioblastoma (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto.

    • NLM

      Donaires FS. Utilização de análise bioinformática e validação por PCR quantitativa em tempo real na identificação da indução transcricional dos fatores de transcrição E2F1 e E2F4 em linhagens de glioblastoma. 2011 ;[citado 2024 abr. 20 ]

    • Vancouver

      Donaires FS. Utilização de análise bioinformática e validação por PCR quantitativa em tempo real na identificação da indução transcricional dos fatores de transcrição E2F1 e E2F4 em linhagens de glioblastoma. 2011 ;[citado 2024 abr. 20 ]

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