Identificação e seleção de novos genes humanos associados a tumores a partir de dados obtidos no projeto Transcript Finishing Initiative (TFI) (2007)
- Authors:
- Autor USP: CRUZ, LUCIANA OLIVEIRA - IQ
- Unidade: IQ
- Sigla do Departamento: QBQ
- Subjects: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; EXPRESSÃO GÊNICA; REGULAÇÃO GÊNICA; GENES; TRANSCRIÇÃO GÊNICA
- Language: Português
- Abstract: Após o sequenciamento completo do genoma humano, a busca e caracterização do conjunto completo de genes humanos constitui-se no principal desafio nesta área de investigação, sendo o passo limitante para o progresso na exploração dos dados contidos no sequenciamento deste genoma. O projeto de transcriptoma denominado "Transcript Finishing Initiative" (TFI) surgiu neste contexto, com o objetivo principal de gerar fragmentos parciais de transcritos humanos, que não haviam sido descritos previamente e determinar sua sequência, para iniciar a caracterização de novos genes humanos. A estratégia utilizada foi o alinhamento de todas as sequências ORESTES e ESTs disponíveis com a sequência pública do genoma humano e o agrupamento / clusterização destas com base nas coordenadas deste genoma. Algumas das regiões que não eram cobertas por estas sequências foram, então, completadas, por RT-PCR, utilizando-se primers ancorados nos clusters vizinhos. Cada par de clusters de ESTs selecionado para validação experimental foi designado como uma Unidade do "Transcript Finishing" (TFU), tendo sido validadas experimentalmente, pelo grupo TFI, um total de 211 TFUs foram validadas, sendo que 197 sequências consenso foram submetidas ao Genbank (CF272536-CF272733). Atualmente, apenas um pequeno número destas sequências ainda são considerados genes novos, sem que haja um cDNA depositado em banco de dados; contudo para um número considerável destas TFUs não existe qualquercaracterização sobre sua função. Na tentativa de contribuir para melhor caracterização dos genes identificados no projeto TFI, e tendo, como base, a linha de ) pesquisa do laboratório, que busca genes diferencialmente expressos envolvidos em transformação maligna / tumorigênese, o presente trabalho propôs a utilização das sequências TFUs para estudar sua possível associação com tumores de glia humanos e outros tipos de tumores (de próstata e de mama). Para tanto, as TFUs foram analisadas "in silico" para estabelecer seu grau de ineditismo como um novo gene ou um gene sem função conhecida, e, para análise de sua expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais de cérebro, próstata e mama. Para validar estas análises computacionais na bancada, foram gerados macro e microarranjos de DNA utilizando-se as TFUs disponíveis como clones físicos ou amplicons, para o rastreamento com sondas das linhagens celulares A172 e T98G de glioblastomas. Os resultados das análises destes dados foram confirmados por PCR quantitativo tanto nas linhagens como em amostras clínicas de astrocitomas que apresentam diversos graus de malignidade. Como resultado, foi possível organizar um Banco de Clones Físicos de TFUs, além de identificar e selecionar uma TFU (168), Cuja expressão correlaciona diretamente com o grau de malignidade dos tumores de glia. Esta sequência corresponde a um novo gene, já que não existe a sequência de cDNA completo nos bancos de dados. Em vistadisto, a TFU168 foi selecionada para estudos funcionais posteriores, que já estão em andamento, através da obtenção de sua sequência completa de cDNA para ensaios de superexpressão e do silenciamento gênico através de RNAi
- Imprenta:
- Data da defesa: 05.10.2007
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ABNT
CRUZ, Luciana Oliveira. Identificação e seleção de novos genes humanos associados a tumores a partir de dados obtidos no projeto Transcript Finishing Initiative (TFI). 2007. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-16112007-111539/. Acesso em: 25 abr. 2024. -
APA
Cruz, L. O. (2007). Identificação e seleção de novos genes humanos associados a tumores a partir de dados obtidos no projeto Transcript Finishing Initiative (TFI) (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-16112007-111539/ -
NLM
Cruz LO. Identificação e seleção de novos genes humanos associados a tumores a partir de dados obtidos no projeto Transcript Finishing Initiative (TFI) [Internet]. 2007 ;[citado 2024 abr. 25 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-16112007-111539/ -
Vancouver
Cruz LO. Identificação e seleção de novos genes humanos associados a tumores a partir de dados obtidos no projeto Transcript Finishing Initiative (TFI) [Internet]. 2007 ;[citado 2024 abr. 25 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-16112007-111539/
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