Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos (2005)
- Authors:
- Autor USP: GARCIA, ANTONIO AUGUSTO FRANCO - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Subjects: MAPEAMENTO GENÉTICO; GENÉTICA ESTATÍSTICA
- Language: Português
- Abstract: Avaliar o comportamento do método bootstrap para fornecer medidas de confiabilidade das ordens obtidas em mapas genéticos. Material e métodos: Foi implementado um software, em linguagem R, para realização das análises, utilizando os métodos de ordenação Seriation e Rapid Chain Delineation. Foi simulado um mapa para uma espécie vegetal diplóide e monóica, com 5 grupos de ligação, com 25 marcadores cada, em média. A partir deste mapa foram simuladas duas populações (retrocruzamento e F2), com 100 indivíduos. Em F2 foram atribuídas diferentes proporções de marcadores dominantes aos cromossomos: 0, 10, 30, 60 e 90%. Foram feitas 1000 amostragens aleatórias nesta população, com reposição, e para cada uma foram construídos os mapas, armazenados em uma matriz de frequências, para cálculo da PCO (% de ordem correta). Resultados: O Seriation mostrou-se inadequado, devido à inversão de blocos de marcadores. Os resultados obtidos mostraram PCOs variando de 0.935 a 0.963 para a população de retrocruzamento, quando foi utilizado o RCD. Para a população F2, a influência da dominância foi marcante: PCO igual a 0.953 e 0.163, para os cromossomos com 0 e 90% de marcadores dominantes, respectivamente. Notou-se uma redução praticamente linear no valor desta estatística, à medida que se elevou a proporção de marcadores dominantes. Conclusões: O método bootstrap, associado ao método RCD, pode ser aplicado em situações reais, fornecendo medidas de confiabilidade dos mapas genéticos
- Imprenta:
- Source:
- Título do periódico: Agropecuária; resumos
- Conference titles: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo
-
ABNT
MARGARIDO, G. R. A. e MOLLINARI, M. Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. 2005, Anais.. São Paulo: USP, 2005. . Acesso em: 23 abr. 2024. -
APA
Margarido, G. R. A., & Mollinari, M. (2005). Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. In Agropecuária; resumos. São Paulo: USP. -
NLM
Margarido GRA, Mollinari M. Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. Agropecuária; resumos. 2005 ;[citado 2024 abr. 23 ] -
Vancouver
Margarido GRA, Mollinari M. Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. Agropecuária; resumos. 2005 ;[citado 2024 abr. 23 ] - Obtenção dos estimadores de máxima verossimilhança das distâncias entre locos com distorção nas segregações em cana-de-açúcar
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