Microarranjo de DNA de clones ORESTES permite a identificação de novos genes com expressão diferencial na progressão tumoral de melanoma (2005)
- Autores:
- Autor USP: PERONNI, KAMILA CHAGAS - FMRP
- Unidade: FMRP
- Sigla do Departamento: RBP
- Assuntos: NEOPLASIAS; GENOMAS; BIOLOGIA CELULAR
- Idioma: Português
- Resumo: A progressão tumoral é um processo complexo que envolve alterações em diversas vias celulares. Muitas ESTs (expressed sequence tags) depositadas nos bancos de dados correspondem a genes de função desconhecida e um grande número destas pode estar envolvido na progressão tumoral. No presente projeto, 90.000 ORESTES (Open Reading Frame ESTs) geradas no Projeto Genoma Humano do Câncer pelos laboratórios RC1 e RC3 foram submetidas à Blast contra o banco de seqüências referência (16546 Refseqs do NCBI), permitindo a seleção de 1584 grupos de seqüências que alinharam (E-value= '10 POT. -100', extensão > que 95% do seu tamanho) com refseqs das categorias preditas ou provisórias (representando preferencialmente genes com pouca ou nenhuma caracterização funcional). Destes grupos, selecionamos através do programa Blat (http://genome.ucsc.edu/cgi- bin/hgBlat) as seqüências com a maior extensão de alinhamento e posicionadas mais à 3' no transcrito, resultando em uma coleção de 1207 seqüências, sendo 351 correspondentes a refseqs preditas e 856 provisórias. Os respectivos clones foram utilizados na confecção de um microarranjo de DNA empregado no estudo da expressão comparativa entre duas linhagens celulares de melanoma provenientes do mesmo paciente, sendo uma (WM278) derivada do tumor primário (fase vertical da progressão tumoral) e a outra (WM1617) da metástase deste tumor em linfonodo (Meenhard Herlyn's laboratory, http:/ /www. wistar. upenn. edu/herlyn/). Apósquantificação digital e análise estatística dos microarranjos, foram detectados 5 genes superexpressos e 75 genes subexpressos na linhagem metastática em relação à linhagem de progressão vertical. A análise de um grupo desses genes por Northen blot contendo RNA total do mesmo par de linhagens de melanoma mais uma linhagem do estágio de progressão radial (WM1552) mostrou que os genes LRPAPl e o CD63 apresentam-se superexpressos na linhagem metastática em ... relação às outras duas linhagens de tumor primário analisadas. Dentre os genes com subexpressão confirmada na linhagem metastática, destacaram-se os genes CYR61, BUB3, HMGN2 e MGC5576 com diferenças marcantes de expressão. Os resultados de Northen blots indicaram também expressão aumentada dos genes TRAI, HMGN2, PEA15, HSPCA, C70RF28B, MGC13186 e FLJ20397 na linhagem radial WM1552 em comparação às outras duas. Condizente com estes resultados, estudos atuais da expressão gênica em grande escala indicam a maior frequência de supressão do que de superexpressão gênica na transição para metástase
- Imprenta:
- Local: Ribeirão Preto
- Data de publicação: 2005
- Data da defesa: 29.04.2005
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ABNT
PERONNI, Kamila Chagas. Microarranjo de DNA de clones ORESTES permite a identificação de novos genes com expressão diferencial na progressão tumoral de melanoma. 2005. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2005. . Acesso em: 24 abr. 2024. -
APA
Peronni, K. C. (2005). Microarranjo de DNA de clones ORESTES permite a identificação de novos genes com expressão diferencial na progressão tumoral de melanoma (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. -
NLM
Peronni KC. Microarranjo de DNA de clones ORESTES permite a identificação de novos genes com expressão diferencial na progressão tumoral de melanoma. 2005 ;[citado 2024 abr. 24 ] -
Vancouver
Peronni KC. Microarranjo de DNA de clones ORESTES permite a identificação de novos genes com expressão diferencial na progressão tumoral de melanoma. 2005 ;[citado 2024 abr. 24 ] - Caracterização funcional de novos genes com marcante expressão diferencial na progressão do melanoma detectada por microarranjo de cDNA ORESTES
- Accuracy of whole genome sequencing versus phenotypic (MGIT) and commercial molecular tests for detection of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolated from patients in Brazil and Mozambique
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