Tese

Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa (2003)

• Autores:
  • Muniz, João Renato Carvalho
  • Souza, Dulce Helena Ferreira de (Orientador)
• Autor USP: MUNIZ, JOAO RENATO CARVALHO - IFSC
• Unidade: IFSC
• Sigla do Departamento: FFI
• Assunto: ENZIMAS
• Idioma: Português
• Resumo: Xylella fastidiosa é uma bactéria Gram-negativa, limitada ao xilema das plantas e o agente causador de diversas doenças em importantes plantações como citros, videiras, mirta, amêndoa, arbustos e café. Em citros, X. fastidiosa causa a Clorose Variegada dos Citros (CVC) ou "amarelinho". Nove enzimas (GumB, C, D, E, F, H, J, K e M) estão envolvidas nas etapas biossintéticas de um polissacarídeo extracelular (EPS), chamado de goma fastidiana, um dos mecanismos envolvidos na patogênese da bactéria. Essas enzimas catalisam reações de adição de açúcares, polimerização e exportação do EPS através da membrana da bactéria. No presente trabalho, ferramentas de bioinformática foram utilizadas para o estudo e entendimento da biossíntese da goma fastidiana. As nove enzimas foram estudadas quanto ao seu conteúdo de estrutura secundária, análise de hidrofobicidade e das regiões transmembrânicas, classificação quanto as suas funções. A construção de modelos estruturais para as enzimas Gums através de comparação por homologia seqüencial mostrou ser um processo impossível, devido a falta de moléculas homólogas com estruturas tridimensionais conhecidas. Por outro lado, métodos de reconhecimento de enovelamento mostraram bons resultados e comparações entre as estruturas secundárias das enzimas Gums foram calculadas com a utilização dos programas GenThreader e THREADER 3.3. Modelos tridimensionais para as enzimas GumB, GumK, GumM, GumJ e GumC foram construídos com o programa MODELLER6.0a e validados com o programa Procheck e VERIFY 3D. Para construção do modelo da GumH (enzima que catalisa a adição da GDP-manose em um lipídio carreador poliprenol), o GenThreader encontrou similaridades quando comparada a MurG (E.coli), 2-epimerase (E. coli), GtfB (Amycolatopsis orientalis) e 'beta'-GT de fago T4 )Todos os modelos são bastante semelhantes e compostos por dois domínios ('alfa'/'beta'), ambos similares ao motivo de ligação de nucleotídeos Rossmann fold e separados por uma fenda profunda, que, provavelmente, forma o sítio de ligação da GDP-manose. Estudos da interação entre proteína e substrato foram obtidos com a utilização do programa FLO. O alinhamento seqüencial da GumH com outras onze glicosiltransferases mostrou regiões bastante conservadas, incluindo o motivo 'EX IND.7'E presente no sítio de ligação do substrato na proteína. Considerações a respeito das interações do substrato GDP-manose com a enzima GumH e do mecanismo da reação foram feitas. Essas análises enfatizam o modelo obtido para a GumH, que representa a primeira estrutura proposta para as enzimas envolvidas na síntese da goma fastidiana
• Imprenta:
  • Local: São Carlos
  • Data de publicação: 2003
• Data da defesa: 25.04.2003


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Como citar

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• ABNT

  MUNIZ, João Renato Carvalho. Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa. 2003. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2003. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/. Acesso em: 19 abr. 2024.

• APA

  Muniz, J. R. C. (2003). Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/

• NLM

  Muniz JRC. Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/

• Vancouver

  Muniz JRC. Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/

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