Tese

Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa (2003)

• Authors:
  • Muniz, João Renato Carvalho
  • Souza, Dulce Helena Ferreira de (Orientador)
• Autor USP: MUNIZ, JOAO RENATO CARVALHO - IFSC
• Unidade: IFSC
• Sigla do Departamento: FFI
• Assunto: ENZIMAS
• Language: Português
• Abstract: Xylella fastidiosa é uma bactéria Gram-negativa, limitada ao xilema das plantas e o agente causador de diversas doenças em importantes plantações como citros, videiras, mirta, amêndoa, arbustos e café. Em citros, X. fastidiosa causa a Clorose Variegada dos Citros (CVC) ou "amarelinho". Nove enzimas (GumB, C, D, E, F, H, J, K e M) estão envolvidas nas etapas biossintéticas de um polissacarídeo extracelular (EPS), chamado de goma fastidiana, um dos mecanismos envolvidos na patogênese da bactéria. Essas enzimas catalisam reações de adição de açúcares, polimerização e exportação do EPS através da membrana da bactéria. No presente trabalho, ferramentas de bioinformática foram utilizadas para o estudo e entendimento da biossíntese da goma fastidiana. As nove enzimas foram estudadas quanto ao seu conteúdo de estrutura secundária, análise de hidrofobicidade e das regiões transmembrânicas, classificação quanto as suas funções. A construção de modelos estruturais para as enzimas Gums através de comparação por homologia seqüencial mostrou ser um processo impossível, devido a falta de moléculas homólogas com estruturas tridimensionais conhecidas. Por outro lado, métodos de reconhecimento de enovelamento mostraram bons resultados e comparações entre as estruturas secundárias das enzimas Gums foram calculadas com a utilização dos programas GenThreader e THREADER 3.3. Modelos tridimensionais para as enzimas GumB, GumK, GumM, GumJ e GumC foram construídos com o programa MODELLER6.0a e validados com o programa Procheck e VERIFY 3D. Para construção do modelo da GumH (enzima que catalisa a adição da GDP-manose em um lipídio carreador poliprenol), o GenThreader encontrou similaridades quando comparada a MurG (E.coli), 2-epimerase (E. coli), GtfB (Amycolatopsis orientalis) e 'beta'-GT de fago T4 )Todos os modelos são bastante semelhantes e compostos por dois domínios ('alfa'/'beta'), ambos similares ao motivo de ligação de nucleotídeos Rossmann fold e separados por uma fenda profunda, que, provavelmente, forma o sítio de ligação da GDP-manose. Estudos da interação entre proteína e substrato foram obtidos com a utilização do programa FLO. O alinhamento seqüencial da GumH com outras onze glicosiltransferases mostrou regiões bastante conservadas, incluindo o motivo 'EX IND.7'E presente no sítio de ligação do substrato na proteína. Considerações a respeito das interações do substrato GDP-manose com a enzima GumH e do mecanismo da reação foram feitas. Essas análises enfatizam o modelo obtido para a GumH, que representa a primeira estrutura proposta para as enzimas envolvidas na síntese da goma fastidiana
• Imprenta:
  • Publisher place: São Carlos
  • Date published: 2003
• Data da defesa: 25.04.2003


---

How to cite

A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

• ABNT

  MUNIZ, João Renato Carvalho. Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa. 2003. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2003. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/. Acesso em: 19 abr. 2024.

• APA

  Muniz, J. R. C. (2003). Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/

• NLM

  Muniz JRC. Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/

• Vancouver

  Muniz JRC. Aplicação de bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xyllela fastidiosa [Internet]. 2003 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-09052005-165542/

Últimas obras dos mesmos autores vinculados com a USP cadastradas na BDPI:

• Enzymatic and structural characterization of rTSγ provides insights into the function of rTSβ
• Clonagem, expressão heteróloga e caracterização de enzima arabinofuranosidase de Thielavia terrestris envolvida na degradação da biomassa lignocelulósica
• Expressão, purificação e caracterização de atividade hidrolítica de hidrolase de glicosídeo
• Estudos estruturais e funcionais de hidrolases de glicosideos com potencial na depolimerização da biomassa lignocelulósica e geração de produtos biotecnológicos
• Desenvolvimento e caracterização de uma petase termofílica
• Structural an [i. e. and] functional study of 10 fructosyltransferases from GH 32 and 68
• The inhibition of human farnesyl pyrophosphate synthase by nitrogen-containing bisphosphonates: elucidating the role of active site threonine 201 and tyrosine 204 residues using enzyme mutants
• Applying biochemical and structural characterization of hydroxycinnamate catabolic enzymes from soil metagenome for lignin valorization strategies
• Differential recognition preferences of the three Src homology 3 (SH3) domains from the adaptor CD2- associated protein (CD2AP) and direct association with Ras and Rab interactor 3 (RIN3)
• Cristalografia de macromoléculas: suas estruturas e aplicações