Enovelamento determinístico de macromoléculas (2002)
- Authors:
- Autor USP: SILVA, ROOSEVELT ALVES DA - FFCLRP
- Unidade: FFCLRP
- Sigla do Departamento: 591
- Subjects: FÍSICA; FÍSICA (APLICAÇÕES)
- Language: Português
- Abstract: Nesta tese o problema do enovelamento de proteínas é estudado por meio de um modelo em rede e outro no espaço contínuo. No primeiro caso, a idéia é voltada para o problema do enovelamento inverso, enquanto que o outro trata-se do problema da predição da estrutura tridimensional de proteínas. Inicialmente, o problema do enovelamento inverso é estudado usando um modelo em rede simplificado por meio do método Monte Carlo (MC). O efeito hidrofóbico juntamente com especificidades estéricas são tratados explicitamente através de interações entre a cadeia e as moléculas do solvente. Os atributos químicos e peculiaridades estéricas dos resíduos são codificados num alfabeto de 10 letras, o qual por meio de uma "sintaxe" é utilizado para se determinar a seqüência de "aminoácidos" adequada à cadeia. Vinte e quatro configurações alvo foram escolhidas para análise afim de varrer o espectro de todos os possíveis valores dos parâmetros de ordem de contato 'qui', que neste sistema em particular está compreendido entre 0,2381 e 0,4947. Os resultados obtidos pelas simulações MC revelam que o sucesso de enovelamento de uma seqüência particular é fortemente influenciado por propriedades geométricas das configurações alvos, que aqui são definidas por meio de 'qui'o número 'fi' de padrões estruturais do tipo "manivelas-longas". Para 'qui'< 0,35 o enovelamento é considerado determinístico, isto é, a sintaxe aqui proposta é capaz de codificar as seqüências com grande sucesso; arelação seqüência-estruturas abaixo deste limiar tem menor degenerescência e apresentam tempos de enovelamento característicos menores. Para 'qui'> 0,35 o comportamento do sistema é distinto: o sucesso de enovelamento é severamente reduzido, mostrando forte correlação com os valores de 'fi'. Adicionalmente, a existência de tempos de enovelamento característicos distintos sugerem que diferentes mecanismos podem coexistir ao mesmo tempo no processo de enove- ) lamento. Todos os resultados deste modelo foram determinados sob as mesmas condições fisiológicas, ou seja, a temperatura foi sempre mantida constante. Os resultados deste modelo reproduzem alguns aspectos gerais deste problema do enovelamento protêico, suportanto assim a premissa de que as especificidades estéricas em associação com as forças entrópicas (efeito hidrofóbico) são os ingredientes básicos do processo de enovelamento. No espaço contínuo, a enfâse é colocada no desenvolvimento de um algoritmo eficiente para explorar o espaço de fase configuracional. A contribuição original neste aspecto é o desenvolvimento de um conjunto de movimentos para a cadeia de modo que as mudanças configuracionais possam envolver variações de energia pequenas. Os resultados apresentados aqui, obtidos para uma estrutura secundária (hélice-'alfa' -pro- teína GCN2) e terciária (lPPT), embora sejam ainda preliminares, mostram que a combinação do presente algoritmo com outro qualquer, que usa movimentos coletivos,são muito promissores
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2002
- Data da defesa: 29.08.2002
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ABNT
SILVA, Roosevelt Alves da. Enovelamento determinístico de macromoléculas. 2002. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2002. . Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Silva, R. A. da. (2002). Enovelamento determinístico de macromoléculas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. -
NLM
Silva RA da. Enovelamento determinístico de macromoléculas. 2002 ;[citado 2024 abr. 19 ] -
Vancouver
Silva RA da. Enovelamento determinístico de macromoléculas. 2002 ;[citado 2024 abr. 19 ]
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