Sequenciamento e anotação de parte do genoma de Xylella fastidiosa (2001)
- Authors:
- Autor USP: MATSUKUMA, ADRIANA YAMAGUTI - IQ
- Unidade: IQ
- Sigla do Departamento: QBQ
- Subjects: GENOMAS; BIOLOGIA MOLECULAR; DADOS DE SEQUÊNCIA MOLECULAR
- Language: Português
- Abstract: A citricultura paulista pode ser considerada uma das mais competitivas e importantes atividades agroindustriais do Brasil, gerando aproximadamente 400 mil empregos e adicionando anualmente U$ 1,4 bilhões ao país. Entretanto ainda apresenta uma produtividade inferior aquela encontrada na Flórida, principalmente devido às deficiências nutricionais e hídricas e a doenças que há diversos anos atinge as lavouras. Nos últimos dez anos, a clorose variegada dos citros (CVC), conhecida popularmente como a doença do amarelinho, apresenta-se como o principal problema, sendo a bactéria gram-negativa Xylella fastidiosa seu agente causal. Em vista da importância do cultivo da laranja no país, o projeto "Genoma Xylella fastidiosa" foi proposto, visando o sequenciamento total do genoma deste fitopatogeno bem como treinamento de pessoal capacitado na utilização modernas técnicas de biologia molecular. Segmentos de DNA provenientes de 7 cosmídeos e diversos clones provenientes de bibliotecas de "shotgun" genômico foram sequenciados em nosso laboratório, totalizando 271.220 pb do genoma da bactéria. Em seguida foi feita a anotação das orfs preditas por programa GLIMMER, sendo que em nosso laboratório foram anotadas aproximadamente 290 ORFS. Sequenciamentos diretamente do genoma e de clones das bibliotecas de RDA foram também realizados, complementando as metodologias de primer walking e construção de bibliotecas de fago utilizadas em outros laboratórios do projeto para fechamentode "gaps". Todos os resultados obtidos em nosso laboratório, somados as contribuições de todos os grupos do projeto, serão base para a melhor compreensão dos mecanismos utilizados pela bactéria, podendo favorecer o desenvolvimento de novas estratégias para o combate desta praga
- Imprenta:
- Data da defesa: 09.02.2001
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ABNT
MATSUKUMA, Adriana Yamaguti. Sequenciamento e anotação de parte do genoma de Xylella fastidiosa. 2001. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2001. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-06022009-160615/. Acesso em: 28 mar. 2024. -
APA
Matsukuma, A. Y. (2001). Sequenciamento e anotação de parte do genoma de Xylella fastidiosa (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-06022009-160615/ -
NLM
Matsukuma AY. Sequenciamento e anotação de parte do genoma de Xylella fastidiosa [Internet]. 2001 ;[citado 2024 mar. 28 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-06022009-160615/ -
Vancouver
Matsukuma AY. Sequenciamento e anotação de parte do genoma de Xylella fastidiosa [Internet]. 2001 ;[citado 2024 mar. 28 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-06022009-160615/ - Parallel damage in mitochondria and lysosomes is an efficient way to photoinduce cell death
- Shotgun sequencing of the human transcriptome with ORF expressed sequence tags
- DNA microarray-based genome comparison of a pathogenic and a nonpathogenic strain of Xylella fastidiosa delineates genes important for bacterial virulence
- Delineation of pathogenesis mechanisms in Xylella fastidiosa through DNA
- DNA microarray-based comparison of two Xylella fastidiosa strains
- Using DNA microarrays to prospect heat shock reponse in xylella fastidiosa and to investigate genomic variations in distinct strains
- Identification of human chromosome 22 transcribed sequences with ORF expressed sequence tags
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