Estudos estruturais de DM43: um inibidor de metaloprotease de veneno de serpente extraído do soro de gambá Dedelphis marsupialis (2000)
- Autores:
- Autor USP: MAKINO, DÉBORA LIKA - IFSC
- Unidade: IFSC
- Sigla do Departamento: FFI
- Assuntos: PROTEÍNAS; BIOLOGIA MOLECULAR; MATÉRIA CONDENSADA
- Idioma: Português
- Resumo: A resistência natural do gambá Didelphis marsupialis ao veneno de serpentes se deve a fatores antibiotrópicos presentes em seu soro, do qual DM43 é um dos responsáveis pela inibição da atividade hemorrágica. Com o objetivo de entender melhor o mecanismo de ação desta proteína contra a metaloprotease contida no veneno pretendeu-se, neste trabalho, otimizar as condições de cristalização de DM43, na tentativa de determinar sua estrutura por difração de raios-X. Ensaios de cristalização revelaram que o sulfato de amônio é o precipitante mais eficiente na produção de cristais de DM43. A visualização e indexação dos padrões de difração destes cristais permitiram apenas a determinação dos parâmetros de sua cela unitária, devido a baixa qualidade dos mesmos. Deste modo, os seguintes parâmetros de cela unitária foram encontrados: a = b = 117.34 (0.03) 'ANGSTRON', c = 193.39 (0.02) 'ANGSTRON', 'ALFA'='BETA'='90 GRAUS' e 'GAMA'= '120 GRAUS', correspondentes ao sistema cristalino trigonal ou hexagonal. A recente determinação da sequência de aminoácidos de DM43, possibilitou modelar sua estrutura tridimensional por homologia utilizando o método de satisfação das restrições espaciais. Os três domínios tipo imunoglobulina de DM43 foram modelados em duas partes a partir da estrutura de referência KIR2DL1(1nkr) homóloga a dois domínios C-terminais de DM43, com apenas 27.72% de identidade. O domínio N-terminal denominado 'D IND.0', foi modelado separadamente contra odomínio C-terminal de KIR2DL1 com um grau de identidade igual a 28.89%. A partir do programa GRASP e PATCHES, foram detectadas as prováveis regiões de ligação entre as duas partes da molécula e uma possível região responsável pela dimerização no domínio 'D IND.2' de DM43. Interessantemente, resíduos polares em KIR2DLs que foram substituídos por hidrofóbicos em DM43, concentrando-se em uma face do domínio 'D IND.2' ausente de sítios de glicosilação, o que coincide ) com as observações de dimerização do receptor do hormônio de crescimento. Um motivo estrutural característico de receptores hematopoiéticos identificados como WSXWS box, foi encontrado em todos os domínios de DM43, especialmente no domínio 'D IND.2'. Supõe-se que a sua existência esteja relacionada com a orientação relativa dos domínios por manter o primeiro triptofano do motivo posicionado exatamente na interface entre os domínios. Surge ainda uma fita extra (F'), no domínio 'D IND.2', não pertencente ao enovelamento imunoglobulina devido a presença da Pro273, muito bem conservada, a três resíduos do motivo WSXWS. Esta fita parece desempenhar um papel importante na orientação do motivo pois além de formar ligações de hidrogênio com a fita G do domínio anterior, posiciona corretamente o primeiro triptofano do motivo na interface. Somando-se a isto, a presença de resíduos hidrofóbicos na interface dos domínios 'D IND.1' e 'D IND.2' pode estar contribuindo para a orientação angular relativamenor que '90 GRAUS' entre os dois domínios. Uma interpretação análoga a de hormônios de crescimento sugere que, os loops entre as fitas AB, CC´ e EF do domínio 1, BC e FG do domínio 2 e o linker entre estes dois domínios, estejam envolvidos na interação da metaloprotease com DM43
- Imprenta:
- Local: São Carlos
- Data de publicação: 2000
- Data da defesa: 26.06.2000
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ABNT
MAKINO, Debora Lika. Estudos estruturais de DM43: um inibidor de metaloprotease de veneno de serpente extraído do soro de gambá Dedelphis marsupialis. 2000. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2000. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06012009-103446/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Makino, D. L. (2000). Estudos estruturais de DM43: um inibidor de metaloprotease de veneno de serpente extraído do soro de gambá Dedelphis marsupialis (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06012009-103446/ -
NLM
Makino DL. Estudos estruturais de DM43: um inibidor de metaloprotease de veneno de serpente extraído do soro de gambá Dedelphis marsupialis [Internet]. 2000 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06012009-103446/ -
Vancouver
Makino DL. Estudos estruturais de DM43: um inibidor de metaloprotease de veneno de serpente extraído do soro de gambá Dedelphis marsupialis [Internet]. 2000 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06012009-103446/
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