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Tese (Doutorado)
Probabilistic graphical models and deep learning techniques for gene prediction (2025)
Caro, Waldir Edison Farfán; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: IME
Assuntos: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, GENÔMICA, REDES NEURAIS
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ABNT
CARO, Waldir Edison Farfán. Probabilistic graphical models and deep learning techniques for gene prediction. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19082025-123303/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Caro, W. E. F. (2025). Probabilistic graphical models and deep learning techniques for gene prediction (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19082025-123303/
NLM
Caro WEF. Probabilistic graphical models and deep learning techniques for gene prediction [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19082025-123303/
Vancouver
Caro WEF. Probabilistic graphical models and deep learning techniques for gene prediction [Internet]. 2025 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19082025-123303/
Artigo de periodico
ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages (2024)
Nachtigall, Pedro Gabriel ; Durham, Alan Mitchell ; Rokyta, Darin R. ; Junqueira-de-azevedo, Inacio Loiola Meirelles
Fonte: GigaScience. Unidades: IME, IB
Assuntos: COMPUTAÇÃO APLICADA, GENÔMICA
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ABNT
NACHTIGALL, Pedro Gabriel et al. ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages. GigaScience, v. 13, p. 1-17, 2024Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/gigascience/giad116. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Nachtigall, P. G., Durham, A. M., Rokyta, D. R., & Junqueira-de-azevedo, I. L. M. (2024). ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages. GigaScience, 13, 1-17. doi:10.1093/gigascience/giad116
NLM
Nachtigall PG, Durham AM, Rokyta DR, Junqueira-de-azevedo ILM. ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages [Internet]. GigaScience. 2024 ; 13 1-17.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giad116
Vancouver
Nachtigall PG, Durham AM, Rokyta DR, Junqueira-de-azevedo ILM. ToxCodAn-Genome: an automated pipeline for toxin-gene annotation in genome assembly of venomous lineages [Internet]. GigaScience. 2024 ; 13 1-17.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giad116
Tese (Doutorado)
Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar (2024)
Melo, Alícia Lie de ; Souza, Gláucia Mendes (Orientador) ; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: BIOTECNOLOGIA, BIOCOMBUSTÍVEIS, CANA-DE-AÇÚCAR, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
MELO, Alícia Lie de. Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar. 2024. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Melo, A. L. de. (2024). Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/
NLM
Melo AL de. Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar [Internet]. 2024 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/
Vancouver
Melo AL de. Caracterizando regiões promotoras: protocolo de análise de arquiteturas de promotores utilizando dados de expressão e sua aplicação em cana-de-açúcar [Internet]. 2024 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-13112024-184644/
Parte de monografia/livro
Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants (2021)
Oliveira, Liliane Santana; Patera, Andressa Caroline; Domingues, Douglas Silva ; Sanches, Danilo Sipoli; Lopes, Fabricio Martins ; Bugatti, Pedro Henrique ; Saito, Priscila Tiemi Maeda; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Durham, Alan Mitchell ; Paschoal, Alexandre Rossi
Fonte: Plant circular RNAs : methods and protocols. Unidade: IME
Assunto: BIOINFORMÁTICA
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ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana et al. Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants. Plant circular RNAs : methods and protocols. Tradução . New York: Humana, 2021. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Oliveira, L. S., Patera, A. C., Domingues, D. S., Sanches, D. S., Lopes, F. M., Bugatti, P. H., et al. (2021). Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants. In Plant circular RNAs : methods and protocols. New York: Humana. doi:10.1007/978-1-0716-1645-1_9
NLM
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs : methods and protocols. New York: Humana; 2021. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Vancouver
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs : methods and protocols. New York: Humana; 2021. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Artigo de periodico
CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts (2021)
Nachtigall, Pedro Gabriel ; Kashiwabara, André Yoshiaki ; Durham, Alan Mitchell
Fonte: Briefings in Bioinformatics. Unidade: IME
Assuntos: BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
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ABNT
NACHTIGALL, Pedro Gabriel e KASHIWABARA, André Yoshiaki e DURHAM, Alan Mitchell. CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. Briefings in Bioinformatics, v. 22, n. 3, p. 1-11, 2021Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/bib/bbaa045. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Nachtigall, P. G., Kashiwabara, A. Y., & Durham, A. M. (2021). CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts. Briefings in Bioinformatics, 22( 3), 1-11. doi:10.1093/bib/bbaa045
NLM
Nachtigall PG, Kashiwabara AY, Durham AM. CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 3): 1-11.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbaa045
Vancouver
Nachtigall PG, Kashiwabara AY, Durham AM. CodAn: predictive models for precise identification of coding regions in eukaryotic transcripts [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 3): 1-11.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbaa045
Artigo de periodico
TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes (2021)
Oliveira, Mauro de Medeiros ; Bonadio, Ígor ; Melo, Alícia Lie de ; Souza, Gláucia Mendes ; Durham, Alan Mitchell
Fonte: Briefings in Bioinformatics. Unidades: IQ, IME, Interunidades em Bioinformática
Assuntos: TRANSCRIÇÃO GÊNICA, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
OLIVEIRA, Mauro de Medeiros et al. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. Briefings in Bioinformatics, v. 22, n. 6, p. 1-12, 2021Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Oliveira, M. de M., Bonadio, Í., Melo, A. L. de, Souza, G. M., & Durham, A. M. (2021). TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes. Briefings in Bioinformatics, 22( 6), 1-12. doi:10.1093/bib/bbab198
NLM
Oliveira M de M, Bonadio Í, Melo AL de, Souza GM, Durham AM. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 6): 1-12.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198
Vancouver
Oliveira M de M, Bonadio Í, Melo AL de, Souza GM, Durham AM. TSSFinder—fast and accurate ab initio prediction of the core promoter in eukaryotic genomes [Internet]. Briefings in Bioinformatics. 2021 ; 22( 6): 1-12.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/bib/bbab198
Parte de monografia/livro
Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants (2021)
Oliveira, Liliane Santana; Patera, Andressa Caroline; Domingues, Douglas Silva ; Sanches, Danilo Sipoli; Lopes, Fabricio Martins; Bugatti, Pedro Henrique; Saito, Priscila Tiemi Maeda; Maracaja-Coutinho, Vinicius; Durham, Alan Mitchell ; Paschoal, Alexandre Rossi
Fonte: Plant circular RNAs: methods and protocols. Unidade: ESALQ
Assunto: BANCO DE DADOS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana et al. Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants. Plant circular RNAs: methods and protocols. Tradução . New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo, 2021. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Oliveira, L. S., Patera, A. C., Domingues, D. S., Sanches, D. S., Lopes, F. M., Bugatti, P. H., et al. (2021). Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants. In Plant circular RNAs: methods and protocols. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo. doi:10.1007/978-1-0716-1645-1_9
NLM
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs: methods and protocols. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2021. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Vancouver
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs: methods and protocols. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2021. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Dissertação (Mestrado)
An integrated implementation of probabilistic graphical models (2020)
Ferreira, Renato Cordeiro ; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: IME
Assuntos: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, ARQUITETURA DE SOFTWARE, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS, ALGORITMOS GRÁFICOS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
FERREIRA, Renato Cordeiro. An integrated implementation of probabilistic graphical models. 2020. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2020. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19062025-195033/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Ferreira, R. C. (2020). An integrated implementation of probabilistic graphical models (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19062025-195033/
NLM
Ferreira RC. An integrated implementation of probabilistic graphical models [Internet]. 2020 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19062025-195033/
Vancouver
Ferreira RC. An integrated implementation of probabilistic graphical models [Internet]. 2020 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-19062025-195033/
Trabalho de evento-resumo
Characterization of the promoter region of two drought-responsive SAS (2020)
Melo, Alícia Lie de; Durham, Alan Mitchell ; Souza, Gláucia Mendes
Fonte: Poster Session. Nome do evento: Biofuture Summit e BBEST Conference. Unidades: IQ, IME, Interunidades em Bioinformática
Assuntos: REGULAÇÃO GÊNICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, CANA-DE-AÇÚCAR
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
MELO, Alícia Lie de e DURHAM, Alan Mitchell e SOUZA, Gláucia Mendes. Characterization of the promoter region of two drought-responsive SAS. 2020, Anais.. São Paulo: The Bioenergy Society (SBE); SBBq, 2020. Disponível em: https://repositorio.usp.br/directbitstream/e1cf0ba6-c312-4607-bffb-fb95dcd2597e/3009033.pdf. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Melo, A. L. de, Durham, A. M., & Souza, G. M. (2020). Characterization of the promoter region of two drought-responsive SAS. In Poster Session. São Paulo: The Bioenergy Society (SBE); SBBq. Recuperado de https://repositorio.usp.br/directbitstream/e1cf0ba6-c312-4607-bffb-fb95dcd2597e/3009033.pdf
NLM
Melo AL de, Durham AM, Souza GM. Characterization of the promoter region of two drought-responsive SAS [Internet]. Poster Session. 2020 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://repositorio.usp.br/directbitstream/e1cf0ba6-c312-4607-bffb-fb95dcd2597e/3009033.pdf
Vancouver
Melo AL de, Durham AM, Souza GM. Characterization of the promoter region of two drought-responsive SAS [Internet]. Poster Session. 2020 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://repositorio.usp.br/directbitstream/e1cf0ba6-c312-4607-bffb-fb95dcd2597e/3009033.pdf
Parte de monografia/livro
Noncoding RNAs databases: current status and trends (2019)
Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Paschoal, Alexandre Rossi ; Caris-Maldonado, José Carlos; Borges, Pedro Vinícius; Ferreira, Almir José; Durham, Alan Mitchell
Fonte: Computational biology of non-coding RNA : methods and protocols. Unidade: IME
Assuntos: BIOINFORMÁTICA, BANCO DE DADOS, RNA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
MARACAJA-COUTINHO, Vinicius et al. Noncoding RNAs databases: current status and trends. Computational biology of non-coding RNA : methods and protocols. Tradução . New York: Springer, 2019. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8982-9_10. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Maracaja-Coutinho, V., Paschoal, A. R., Caris-Maldonado, J. C., Borges, P. V., Ferreira, A. J., & Durham, A. M. (2019). Noncoding RNAs databases: current status and trends. In Computational biology of non-coding RNA : methods and protocols. New York: Springer. doi:10.1007/978-1-4939-8982-9_10
NLM
Maracaja-Coutinho V, Paschoal AR, Caris-Maldonado JC, Borges PV, Ferreira AJ, Durham AM. Noncoding RNAs databases: current status and trends [Internet]. In: Computational biology of non-coding RNA : methods and protocols. New York: Springer; 2019. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8982-9_10
Vancouver
Maracaja-Coutinho V, Paschoal AR, Caris-Maldonado JC, Borges PV, Ferreira AJ, Durham AM. Noncoding RNAs databases: current status and trends [Internet]. In: Computational biology of non-coding RNA : methods and protocols. New York: Springer; 2019. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8982-9_10
Artigo de periodico
Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop (2019)
Souza, Gláucia Mendes ; Van Sluys, Marie-Anne ; Lembke, Carolina Gimiliani ; Lee, Hayan; Margarido, Gabriel Rodrigues Alves ; Hotta, Carlos Takeshi ; Gaiarsa, Jonas Weissmann ; Diniz, Augusto Lima ; Oliveira, Mauro de Medeiros ; Ferreira, Sávio de Siqueira ; Nishiyama Junior, Milton Yutaka ; Caten, Felipe Ten ; Ragagnin, Geovani Tolfo; Andrade, Pablo de Morais ; Souza, Robson Francisco de ; Nicastro, Gianlucca Gonçalves; Pandya, Ravi ; Kim, Changsoo; Guo, Hui; Durham, Alan Mitchell ; Carneiro, Monalisa Sampaio ; Zhang, Jisen; Zhang, Xingtan; Zhang, Qing; Ming, Ray; Schatz, Michael C ; Davidson, Bob; Paterson, Andrew H; Heckerman, David
Fonte: GigaScience. Unidades: IQ, IB, ESALQ, ICB, IME, Interunidades em Bioinformática, Interunidades em Biotecnologia
Assuntos: MICROBIOLOGIA, GENOMAS, CANA-DE-AÇÚCAR, DIVERSIDADE GENÉTICA, BIOMASSA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, SACAROSE, EXPRESSÃO GÊNICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SOUZA, Gláucia Mendes et al. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience, v. 8, n. 12, p. 18 , 2019Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1093/gigascience/giz129. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Souza, G. M., Van Sluys, M. -A., Lembke, C. G., Lee, H., Margarido, G. R. A., Hotta, C. T., et al. (2019). Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop. GigaScience, 8( 12), 18 . doi:10.1093/gigascience/giz129
NLM
Souza GM, Van Sluys M-A, Lembke CG, Lee H, Margarido GRA, Hotta CT, Gaiarsa JW, Diniz AL, Oliveira M de M, Ferreira S de S, Nishiyama Junior MY, Caten FT, Ragagnin GT, Andrade P de M, Souza RF de, Nicastro GG, Pandya R, Kim C, Guo H, Durham AM, Carneiro MS, Zhang J, Zhang X, Zhang Q, Ming R, Schatz MC, Davidson B, Paterson AH, Heckerman D. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop [Internet]. GigaScience. 2019 ; 8( 12): 18 .[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giz129
Vancouver
Souza GM, Van Sluys M-A, Lembke CG, Lee H, Margarido GRA, Hotta CT, Gaiarsa JW, Diniz AL, Oliveira M de M, Ferreira S de S, Nishiyama Junior MY, Caten FT, Ragagnin GT, Andrade P de M, Souza RF de, Nicastro GG, Pandya R, Kim C, Guo H, Durham AM, Carneiro MS, Zhang J, Zhang X, Zhang Q, Ming R, Schatz MC, Davidson B, Paterson AH, Heckerman D. Assembly of the 373k gene space of the polyploid sugarcane genome reveals reservoirs of functional diversity in the world's leading biomass crop [Internet]. GigaScience. 2019 ; 8( 12): 18 .[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1093/gigascience/giz129
Dissertação (Mestrado)
Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento (2019)
Lopes, Bruno Tenório da Silveira; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: IME
Assuntos: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS, CADEIAS DE MARKOV
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
LOPES, Bruno Tenório da Silveira. Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento. 2019. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-28092019-175959/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Lopes, B. T. da S. (2019). Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-28092019-175959/
NLM
Lopes BT da S. Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-28092019-175959/
Vancouver
Lopes BT da S. Predição de genes ab initio combinada com informações de alinhamento [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-28092019-175959/
Tese (Doutorado)
Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas (2019)
Kashiwabara, Liliane Santana Oliveira; Durham, Alan Mitchell (Orientador) ; Gruber, Arthur (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: BIOINFORMÁTICA, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS, DESENVOLVIMENTO DE SOFTWARE, MARCADOR MOLECULAR
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
KASHIWABARA, Liliane Santana Oliveira. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas. 2019. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2019. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Kashiwabara, L. S. O. (2019). Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
NLM
Kashiwabara LSO. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
Vancouver
Kashiwabara LSO. Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicas [Internet]. 2019 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-29082019-160757/
Tese (Doutorado)
Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar (2018)
Oliveira, Mauro de Medeiros ; Souza, Gláucia Mendes (Orientador) ; Durham, Alan Mitchell (coorient)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: BIOINFORMÁTICA, CANA-DE-AÇÚCAR
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
OLIVEIRA, Mauro de Medeiros. Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar. 2018. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2018. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10122018-101543. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Oliveira, M. de M. (2018). Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10122018-101543
NLM
Oliveira M de M. Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar [Internet]. 2018 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10122018-101543
Vancouver
Oliveira M de M. Transcriptoma, sítios de ligação para fatores de transcrição e região promotora de cana-de-açúcar [Internet]. 2018 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10122018-101543
Tese (Doutorado)
Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas (2018)
Bonadio, Ígor; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: IME
Assuntos: ALGORITMOS, CAMPOS ALEATÓRIOS, MODELOS PARA PROCESSOS ESTOCÁSTICOS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
BONADIO, Ígor. Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas. 2018. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2018. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-15102018-193536/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Bonadio, Í. (2018). Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-15102018-193536/
NLM
Bonadio Í. Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas [Internet]. 2018 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-15102018-193536/
Vancouver
Bonadio Í. Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas [Internet]. 2018 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-15102018-193536/
Artigo de periodico
Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights (2017)
Reyes, Alejandro; Alves, João Marcelo Pereira ; Durham, Alan Mitchell ; Gruber, Arthur
Fonte: Advances in Genomics and Genetics. Unidades: ICB, IME
Assunto: PARASITOLOGIA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
REYES, Alejandro et al. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics, v. 7, p. 29-45, 2017Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.2147/AGG.S136574. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Reyes, A., Alves, J. M. P., Durham, A. M., & Gruber, A. (2017). Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights. Advances in Genomics and Genetics, 7, 29-45. doi:10.2147/AGG.S136574
NLM
Reyes A, Alves JMP, Durham AM, Gruber A. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights [Internet]. Advances in Genomics and Genetics. 2017 ; 7 29-45.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.2147/AGG.S136574
Vancouver
Reyes A, Alves JMP, Durham AM, Gruber A. Use of profile hidden Markov models in viral discovery: current insights [Internet]. Advances in Genomics and Genetics. 2017 ; 7 29-45.[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.2147/AGG.S136574
Artigo de periodico
GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data (2016)
Alves, João Marcelo Pereira ; Oliveira, Andre L. de; Sandberg, Tatiana Orli Milkewitz ; Moreno-Gallego, Jaime L; Toledo, Marcelo A. F. de; Moura, Elisabeth M. M. de; Oliveira, Liliane S; Durham, Alan Mitchell ; Mehnert, Dolores Ursula; Zanotto, Paolo Marinho de Andrade ; Reyes, Alejandro; Gruber, Arthur
Fonte: Frontiers in Microbiology. Unidades: ICB, IME, IB
Assuntos: BIOINFORMÁTICA, PROCESSOS DE MARKOV
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
ALVES, João Marcelo Pereira et al. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data. Frontiers in Microbiology, v. 7, n. article º 269, p. 15 , 2016Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Alves, J. M. P., Oliveira, A. L. de, Sandberg, T. O. M., Moreno-Gallego, J. L., Toledo, M. A. F. de, Moura, E. M. M. de, et al. (2016). GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data. Frontiers in Microbiology, 7( article º 269), 15 . doi:10.3389/fmicb.2016.00269
NLM
Alves JMP, Oliveira AL de, Sandberg TOM, Moreno-Gallego JL, Toledo MAF de, Moura EMM de, Oliveira LS, Durham AM, Mehnert DU, Zanotto PM de A, Reyes A, Gruber A. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data [Internet]. Frontiers in Microbiology. 2016 ; 7( article º 269): 15 .[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269
Vancouver
Alves JMP, Oliveira AL de, Sandberg TOM, Moreno-Gallego JL, Toledo MAF de, Moura EMM de, Oliveira LS, Durham AM, Mehnert DU, Zanotto PM de A, Reyes A, Gruber A. GenSeed-HMM: a tool for progressive assembly using profile HMMs as seeds and its application in Alpavirinae viral discovery from metagenomic data [Internet]. Frontiers in Microbiology. 2016 ; 7( article º 269): 15 .[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00269
Dissertação (Mestrado)
Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos (2016)
Chaves, Laécio Freitas; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: IME
Assuntos: ALGORITMOS, GENOMAS, BIOINFORMÁTICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
CHAVES, Laécio Freitas. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Chaves, L. F. (2016). Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/
NLM
Chaves LF. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos [Internet]. 2016 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/
Vancouver
Chaves LF. Alinhamento múltiplo de genomas e sequências de proteínas com repetições e rearranjos [Internet]. 2016 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113328/
Dissertação (Mestrado)
Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA (2015)
Ferreira, Rafael Mathias; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: IME
Assuntos: RNA, BIOLOGIA MOLECULAR, CADEIAS DE MARKOV
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
FERREIRA, Rafael Mathias. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA. 2015. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2015. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113510/. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Ferreira, R. M. (2015). Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113510/
NLM
Ferreira RM. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA [Internet]. 2015 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113510/
Vancouver
Ferreira RM. Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA [Internet]. 2015 ;[citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20230727-113510/
Parte de monografia/livro
Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research (2015)
Severino, Patricia; Oliveira, Liliane Santana; Durham, Alan Mitchell
Fonte: Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Unidade: IME
Assuntos: COMPUTAÇÃO APLICADA, BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, NEOPLASIAS CUTÂNEAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SEVERINO, Patricia e OLIVEIRA, Liliane Santana e DURHAM, Alan Mitchell. Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research. Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Tradução . Cham: Springer, 2015. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-3-319-15811-2_16. Acesso em: 04 dez. 2025.
APA
Severino, P., Oliveira, L. S., & Durham, A. M. (2015). Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research. In Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-319-15811-2_16
NLM
Severino P, Oliveira LS, Durham AM. Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research [Internet]. In: Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Cham: Springer; 2015. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-319-15811-2_16
Vancouver
Severino P, Oliveira LS, Durham AM. Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research [Internet]. In: Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Cham: Springer; 2015. [citado 2025 dez. 04 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-319-15811-2_16

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