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Artigo de periodico
Impact of sequencing technologies on long non-coding RNA computational identification (2023)
Chiquitto, Alisson G; Silva, Lucas Otávio L; Oliveira, Liliane Santana; Domingues, Douglas Silva ; Paschoal, Alexandre R
Source: bioRxiv. Unidade: ESALQ
Subjects: GENOMAS, RNA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, TRANSCRIÇÃO GÊNICA
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ABNT
CHIQUITTO, Alisson G et al. Impact of sequencing technologies on long non-coding RNA computational identification. bioRxiv, p. 1-16 (preprint), 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1101/2022.04.15.488462. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Chiquitto, A. G., Silva, L. O. L., Oliveira, L. S., Domingues, D. S., & Paschoal, A. R. (2023). Impact of sequencing technologies on long non-coding RNA computational identification. bioRxiv, 1-16 (preprint). doi:10.1101/2022.04.15.488462
NLM
Chiquitto AG, Silva LOL, Oliveira LS, Domingues DS, Paschoal AR. Impact of sequencing technologies on long non-coding RNA computational identification [Internet]. bioRxiv. 2023 ; 1-16 (preprint).[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1101/2022.04.15.488462
Vancouver
Chiquitto AG, Silva LOL, Oliveira LS, Domingues DS, Paschoal AR. Impact of sequencing technologies on long non-coding RNA computational identification [Internet]. bioRxiv. 2023 ; 1-16 (preprint).[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1101/2022.04.15.488462
Artigo de periodico
Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons (2023)
Oliveira, Liliane Santana; Reyes, Alejandro ; Dutilh, Bas E. ; Gruber, Arthur
Source: Viruses. Unidade: ICB
Subjects: PARASITOLOGIA, BACTERIÓFAGOS, BIODIVERSIDADE, EVOLUÇÃO MOLECULAR, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, VÍRUS
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ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana et al. Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons. Viruses, v. 15, n. 2, p. 1-27, 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.3390/v15020519. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Oliveira, L. S., Reyes, A., Dutilh, B. E., & Gruber, A. (2023). Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons. Viruses, 15( 2), 1-27. doi:10.3390/v15020519
NLM
Oliveira LS, Reyes A, Dutilh BE, Gruber A. Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons [Internet]. Viruses. 2023 ; 15( 2): 1-27.[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v15020519
Vancouver
Oliveira LS, Reyes A, Dutilh BE, Gruber A. Rational design of profile HMMs for sensitive and specific sequence detection with case studies applied to viruses, bacteriophages, and casposons [Internet]. Viruses. 2023 ; 15( 2): 1-27.[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.3390/v15020519
Parte de monografia/livro
Make no mistake!: Why do tools make incorrect long non-coding RNA classification? (2023)
Chiquitto, Alisson Gaspar; Silva, Lucas Otávio L; Oliveira, Liliane Santana; Domingues, Douglas Silva ; Paschoal, Alexandre R
Source: Advances in bioinformatics and computational biology. Conference titles: Brazilian Symposium on Bioinformatics - BSB. Unidade: ESALQ
Assunto: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
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ABNT
CHIQUITTO, Alisson Gaspar et al. Make no mistake!: Why do tools make incorrect long non-coding RNA classification? Advances in bioinformatics and computational biology. Tradução . Cham: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo, 2023. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-3-031-42715-2_4. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Chiquitto, A. G., Silva, L. O. L., Oliveira, L. S., Domingues, D. S., & Paschoal, A. R. (2023). Make no mistake!: Why do tools make incorrect long non-coding RNA classification? In Advances in bioinformatics and computational biology. Cham: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo. doi:10.1007/978-3-031-42715-2_4
NLM
Chiquitto AG, Silva LOL, Oliveira LS, Domingues DS, Paschoal AR. Make no mistake!: Why do tools make incorrect long non-coding RNA classification? [Internet]. In: Advances in bioinformatics and computational biology. Cham: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2023. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-031-42715-2_4
Vancouver
Chiquitto AG, Silva LOL, Oliveira LS, Domingues DS, Paschoal AR. Make no mistake!: Why do tools make incorrect long non-coding RNA classification? [Internet]. In: Advances in bioinformatics and computational biology. Cham: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2023. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-031-42715-2_4
Parte de monografia/livro
Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants (2021)
Oliveira, Liliane Santana; Patera, Andressa Caroline; Domingues, Douglas Silva ; Sanches, Danilo Sipoli; Lopes, Fabricio Martins ; Bugatti, Pedro Henrique ; Saito, Priscila Tiemi Maeda; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Durham, Alan Mitchell ; Paschoal, Alexandre Rossi
Source: Plant circular RNAs : methods and protocols. Unidade: IME
Assunto: BIOINFORMÁTICA
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ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana et al. Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants. Plant circular RNAs : methods and protocols. Tradução . New York: Humana, 2021. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Oliveira, L. S., Patera, A. C., Domingues, D. S., Sanches, D. S., Lopes, F. M., Bugatti, P. H., et al. (2021). Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants. In Plant circular RNAs : methods and protocols. New York: Humana. doi:10.1007/978-1-0716-1645-1_9
NLM
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs : methods and protocols. New York: Humana; 2021. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Vancouver
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and circRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs : methods and protocols. New York: Humana; 2021. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Parte de monografia/livro
Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants (2021)
Oliveira, Liliane Santana; Patera, Andressa Caroline; Domingues, Douglas Silva ; Sanches, Danilo Sipoli; Lopes, Fabricio Martins; Bugatti, Pedro Henrique; Saito, Priscila Tiemi Maeda; Maracaja-Coutinho, Vinicius; Durham, Alan Mitchell; Paschoal, Alexandre Rossi
Source: Plant circular RNAs: methods and protocols. Unidade: ESALQ
Assunto: BANCO DE DADOS
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ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana et al. Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants. Plant circular RNAs: methods and protocols. Tradução . New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo, 2021. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Oliveira, L. S., Patera, A. C., Domingues, D. S., Sanches, D. S., Lopes, F. M., Bugatti, P. H., et al. (2021). Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants. In Plant circular RNAs: methods and protocols. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo. doi:10.1007/978-1-0716-1645-1_9
NLM
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs: methods and protocols. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2021. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Vancouver
Oliveira LS, Patera AC, Domingues DS, Sanches DS, Lopes FM, Bugatti PH, Saito PTM, Maracaja-Coutinho V, Durham AM, Paschoal AR. Computational analysis of transposable elements and CircRNAs in plants [Internet]. In: Plant circular RNAs: methods and protocols. New York, NY: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade de São Paulo; 2021. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1645-1_9
Parte de monografia/livro
Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery (2021)
Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur
Source: Bioinformatics [Internet]. Unidade: ICB
Subjects: PARASITOLOGIA, VIROLOGIA MOLECULAR, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS, VÍRUS, BIOINFORMÁTICA, DIVERSIDADE GENÉTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, MUTAÇÃO GENÉTICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana e GRUBER, Arthur. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery. Bioinformatics [Internet]. Tradução . Brisbane: Exon Publication, 2021. p. ca 9. Disponível em: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Oliveira, L. S., & Gruber, A. (2021). Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery. In Bioinformatics [Internet] (p. ca 9). Brisbane: Exon Publication. doi:10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
NLM
Oliveira LS, Gruber A. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery [Internet]. In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane: Exon Publication; 2021. p. ca 9.[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
Vancouver
Oliveira LS, Gruber A. Rational design of profile hidden Markov models for viral classification and discovery [Internet]. In: Bioinformatics [Internet]. Brisbane: Exon Publication; 2021. p. ca 9.[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.36255/exonpublications.bioinformatics.2021.ch9
Artigo de periodico
Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent (2016)
Garrido, Leandro Maza; Alves, João Marcelo Pereira ; Oliveira, Liliane Santana; Gruber, Arthur ; Padilla, Gabriel ; Araújo, Welington Luiz de
Source: Genome Announcements. Unidade: ICB
Subjects: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, BACTÉRIAS, CONTROLE BIOLÓGICO, FITOPATÓGENOS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
GARRIDO, Leandro Maza et al. Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent. Genome Announcements, v. 4, n. 6, p. e01264-16, 2016Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1128/genomeA.01264-16. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Garrido, L. M., Alves, J. M. P., Oliveira, L. S., Gruber, A., Padilla, G., & Araújo, W. L. de. (2016). Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent. Genome Announcements, 4( 6), e01264-16. doi:10.1128/genomeA.01264-16
NLM
Garrido LM, Alves JMP, Oliveira LS, Gruber A, Padilla G, Araújo WL de. Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent [Internet]. Genome Announcements. 2016 ; 4( 6): e01264-16.[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1128/genomeA.01264-16
Vancouver
Garrido LM, Alves JMP, Oliveira LS, Gruber A, Padilla G, Araújo WL de. Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent [Internet]. Genome Announcements. 2016 ; 4( 6): e01264-16.[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1128/genomeA.01264-16
Parte de monografia/livro
Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research (2015)
Severino, Patricia; Oliveira, Liliane Santana; Durham, Alan Mitchell
Source: Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Unidade: IME
Subjects: COMPUTAÇÃO APLICADA, BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, NEOPLASIAS CUTÂNEAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SEVERINO, Patricia e OLIVEIRA, Liliane Santana e DURHAM, Alan Mitchell. Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research. Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Tradução . Cham: Springer, 2015. . Disponível em: https://doi.org/10.1007/978-3-319-15811-2_16. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Severino, P., Oliveira, L. S., & Durham, A. M. (2015). Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research. In Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-319-15811-2_16
NLM
Severino P, Oliveira LS, Durham AM. Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research [Internet]. In: Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Cham: Springer; 2015. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-319-15811-2_16
Vancouver
Severino P, Oliveira LS, Durham AM. Small RNA sequencing for squamous cell carcinoma research [Internet]. In: Next generation sequencing in cancer research, volume 2. Cham: Springer; 2015. [citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1007/978-3-319-15811-2_16
Artigo de periodico
Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma (2015)
Severino, Patrícia; Oliveira, Liliane Santana; Andreghetto, Flávia Maziero; Torres, Natalia; Curioni, Otavio; Cury, Patricia Maluf; Toporcov, Tatiana Natasha; Paschoal, Alexandre Rossi; Durham, Alan Mitchell
Source: BMC Medical Genomics. Unidades: IME, FSP
Subjects: COMPUTAÇÃO APLICADA, BIOINFORMÁTICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, NEOPLASIAS CUTÂNEAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SEVERINO, Patrícia et al. Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. BMC Medical Genomics, v. 8, 2015Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/s12920-015-0102-4. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Severino, P., Oliveira, L. S., Andreghetto, F. M., Torres, N., Curioni, O., Cury, P. M., et al. (2015). Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma. BMC Medical Genomics, 8. doi:10.1186/s12920-015-0102-4
NLM
Severino P, Oliveira LS, Andreghetto FM, Torres N, Curioni O, Cury PM, Toporcov TN, Paschoal AR, Durham AM. Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma [Internet]. BMC Medical Genomics. 2015 ; 8[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12920-015-0102-4
Vancouver
Severino P, Oliveira LS, Andreghetto FM, Torres N, Curioni O, Cury PM, Toporcov TN, Paschoal AR, Durham AM. Small RNAs in metastatic and non-metastatic oral squamous cell carcinoma [Internet]. BMC Medical Genomics. 2015 ; 8[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1186/s12920-015-0102-4
Dissertação (Mestrado)
PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas (2013)
Oliveira, Liliane Santana; Durham, Alan Mitchell (Orientador)
Unidade: IME
Subjects: COMPUTAÇÃO APLICADA, BIOLOGIA MOLECULAR
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. 2013. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Oliveira, L. S. (2013). PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453
NLM
Oliveira LS. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas [Internet]. 2013 ;[citado 2024 nov. 01 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453
Vancouver
Oliveira LS. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas [Internet]. 2013 ;[citado 2024 nov. 01 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453
Artigo de periodico
High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research (2013)
Severino, Patricia; Oliveira, Liliane Santana; Torres, Natalia; Andreghetto, Flavia Maziero; Klingbeil, Maria de Fatima Guarizo; Moyses, Raquel; Wünsch-Filho, Victor; Nunes, Fábio Daumas; Mathor, Monica Beatriz; Paschoal, Alexandre Rossi; Durham, Alan Mitchell
Source: BMC Genomics. Unidades: FO, IME
Subjects: NEOPLASIAS, CARCINOMA DE CÉLULAS ESCAMOSAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
SEVERINO, Patricia et al. High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research. BMC Genomics, v. 14, n. 735, p. online 1-15 , 2013Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-735. Acesso em: 01 nov. 2024.
APA
Severino, P., Oliveira, L. S., Torres, N., Andreghetto, F. M., Klingbeil, M. de F. G., Moyses, R., et al. (2013). High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research. BMC Genomics, 14( 735), online 1-15 . doi:10.1186/1471-2164-14-735
NLM
Severino P, Oliveira LS, Torres N, Andreghetto FM, Klingbeil M de FG, Moyses R, Wünsch-Filho V, Nunes FD, Mathor MB, Paschoal AR, Durham AM. High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research [Internet]. BMC Genomics. 2013 ;14( 735): online 1-15 .[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-735
Vancouver
Severino P, Oliveira LS, Torres N, Andreghetto FM, Klingbeil M de FG, Moyses R, Wünsch-Filho V, Nunes FD, Mathor MB, Paschoal AR, Durham AM. High-throughput sequencing of small RNA transcriptomes reveals critical biological features targeted by microRNAs in cell models used for squamous cell cancer research [Internet]. BMC Genomics. 2013 ;14( 735): online 1-15 .[citado 2024 nov. 01 ] Available from: https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-735

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