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Tese (Doutorado)
Predição de fenótipos bacterianos a partir de genomas por meio de aprendizado de máquina (2025)
Iha, Bruno Koshin Vásquez ; Setubal, João Carlos
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: FENÓTIPOS, GENÔMICA, APRENDIZADO COMPUTACIONAL, GENÉTICA BACTERIANA
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ABNT
IHA, Bruno Koshin Vásquez e SETUBAL, João Carlos. Predição de fenótipos bacterianos a partir de genomas por meio de aprendizado de máquina. 2025. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2025. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-30042025-170213/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Iha, B. K. V., & Setubal, J. C. (2025). Predição de fenótipos bacterianos a partir de genomas por meio de aprendizado de máquina (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-30042025-170213/
NLM
Iha BKV, Setubal JC. Predição de fenótipos bacterianos a partir de genomas por meio de aprendizado de máquina [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-30042025-170213/
Vancouver
Iha BKV, Setubal JC. Predição de fenótipos bacterianos a partir de genomas por meio de aprendizado de máquina [Internet]. 2025 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-30042025-170213/
Artigo de periodico
Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes (2025)
Zamunér, Caio Felipe Cavicchia ; Huaman, Dennis Carhuaricra; Ragupathy, Roobinidevi; Redfern, James; Cueva, Carmen Lizeth Rodríguez ; Behlau, Franklin ; Enright, Mark C; Ferreira, Henrique; Setubal, João Carlos
Fonte: Microbial Genomics. Unidades: IQ, Interunidades em Bioinformática
Assuntos: XANTHOMONAS, GENOMAS, CANCRO (DOENÇA DE PLANTA), CINTURÕES VERDES, ESTADO (UNIDADE DA FEDERAÇÃO)
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ABNT
ZAMUNÉR, Caio Felipe Cavicchia et al. Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes. Microbial Genomics, v. 11, p. 1-14 art. 001338, 2025Tradução . . Disponível em: https://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.001338. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Zamunér, C. F. C., Huaman, D. C., Ragupathy, R., Redfern, J., Cueva, C. L. R., Behlau, F., et al. (2025). Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes. Microbial Genomics, 11, 1-14 art. 001338. doi:10.1099/mgen.0.001338
NLM
Zamunér CFC, Huaman DC, Ragupathy R, Redfern J, Cueva CLR, Behlau F, Enright MC, Ferreira H, Setubal JC. Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes [Internet]. Microbial Genomics. 2025 ; 11 1-14 art. 001338.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.001338
Vancouver
Zamunér CFC, Huaman DC, Ragupathy R, Redfern J, Cueva CLR, Behlau F, Enright MC, Ferreira H, Setubal JC. Evolution and spread of Xanthomonas citri subsp. citri in the São Paulo, Brazil, citrus belt inferred from 758 novel genomes [Internet]. Microbial Genomics. 2025 ; 11 1-14 art. 001338.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.001338
Tese (Doutorado)
Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes (2024)
Campos, Guillermo Uceda ; Da Silva, Allyson dos Santos (Orientador) ; Setubal, João Carlos (coorient)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: BIOINFORMÁTICA, GENÔMICA, FILOGENIA
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ABNT
CAMPOS, Guillermo Uceda. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes . 2024. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2024. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Campos, G. U. (2024). Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/
NLM
Campos GU. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/
Vancouver
Campos GU. Distribution, Dynamics, and Diversity of the Antiphage Immune Systems in Prokaryotic Genomes and Metagenomes [Internet]. 2024 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-10022025-103219/
Artigo de periodico
Analysis of twelve genomes of the bacterium Kerstersia gyiorum from brown-throated sloths (Bradypus variegatus), the first from a non-human host (2024)
Huaman, Dennis Carhuaricra; Gonzalez, Irys Hany Lima; Ramos, Patrícia Locosque ; Da Silva, Aline Maria ; Setubal, João Carlos
Fonte: PerrJ. Unidade: IQ
Assuntos: GENOMAS, BACTÉRIAS GRAM-NEGATIVAS
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ABNT
HUAMAN, Dennis Carhuaricra et al. Analysis of twelve genomes of the bacterium Kerstersia gyiorum from brown-throated sloths (Bradypus variegatus), the first from a non-human host. PerrJ, v. 12, p. 1-23 art. e17206, 2024Tradução . . Disponível em: https://dx.doi.org/10.7717/peerj.17206. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Huaman, D. C., Gonzalez, I. H. L., Ramos, P. L., Da Silva, A. M., & Setubal, J. C. (2024). Analysis of twelve genomes of the bacterium Kerstersia gyiorum from brown-throated sloths (Bradypus variegatus), the first from a non-human host. PerrJ, 12, 1-23 art. e17206. doi:10.7717/peerj.17206
NLM
Huaman DC, Gonzalez IHL, Ramos PL, Da Silva AM, Setubal JC. Analysis of twelve genomes of the bacterium Kerstersia gyiorum from brown-throated sloths (Bradypus variegatus), the first from a non-human host [Internet]. PerrJ. 2024 ; 12 1-23 art. e17206.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.7717/peerj.17206
Vancouver
Huaman DC, Gonzalez IHL, Ramos PL, Da Silva AM, Setubal JC. Analysis of twelve genomes of the bacterium Kerstersia gyiorum from brown-throated sloths (Bradypus variegatus), the first from a non-human host [Internet]. PerrJ. 2024 ; 12 1-23 art. e17206.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.7717/peerj.17206
Artigo de periodico
Global proteome of the saprophytic strain Leptospira biflexa and comparative analysis with pathogenic strain Leptospira interrogans uncover new pathogenesis mechanisms (2024)
Nascimento Filho, Edson Galdino do; Vieira, Mônica Larucci; Dias, Meriellen ; Mendes, Maria A; Sanchez, Fabio B; Setubal, João Carlos ; Heinemann, Marcos Bryan ; Souza, Gisele Oliveira de ; Pimenta, Daniel Carvalho ; Nascimento, Ana Lucia Tabet Oller do
Fonte: Journal of Proteomics. Unidades: IQ, FMVZ
Assuntos: LEPTOSPIROSE, BACTÉRIAS GRAM-NEGATIVAS, PROTEÔMICA, VIRULÊNCIA
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ABNT
NASCIMENTO FILHO, Edson Galdino do et al. Global proteome of the saprophytic strain Leptospira biflexa and comparative analysis with pathogenic strain Leptospira interrogans uncover new pathogenesis mechanisms. Journal of Proteomics, v. 297, p. 1-10, 2024Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2024.105125. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Nascimento Filho, E. G. do, Vieira, M. L., Dias, M., Mendes, M. A., Sanchez, F. B., Setubal, J. C., et al. (2024). Global proteome of the saprophytic strain Leptospira biflexa and comparative analysis with pathogenic strain Leptospira interrogans uncover new pathogenesis mechanisms. Journal of Proteomics, 297, 1-10. doi:10.1016/j.jprot.2024.105125
NLM
Nascimento Filho EG do, Vieira ML, Dias M, Mendes MA, Sanchez FB, Setubal JC, Heinemann MB, Souza GO de, Pimenta DC, Nascimento ALTO do. Global proteome of the saprophytic strain Leptospira biflexa and comparative analysis with pathogenic strain Leptospira interrogans uncover new pathogenesis mechanisms [Internet]. Journal of Proteomics. 2024 ; 297 1-10.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2024.105125
Vancouver
Nascimento Filho EG do, Vieira ML, Dias M, Mendes MA, Sanchez FB, Setubal JC, Heinemann MB, Souza GO de, Pimenta DC, Nascimento ALTO do. Global proteome of the saprophytic strain Leptospira biflexa and comparative analysis with pathogenic strain Leptospira interrogans uncover new pathogenesis mechanisms [Internet]. Journal of Proteomics. 2024 ; 297 1-10.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2024.105125
Artigo de periodico
Anti-Trypanosoma cruzi antibody profiling in patients with Chagas disease treated with benznidazole assessed by genome phage display (2023)
Carnero, Luis Antonio Rodriguez ; Kuramoto, Andréia; Oliveira, Lea Campos de; Monteiro, Jhonatas Sirino ; Setubal, João Carlos ; Cunha Neto, Edecio ; Sabino, Ester Cerdeira ; Giordano, Ricardo José
Fonte: Plos Neglected Tropical Diseases. Unidades: IQ, FM, CEBIMAR
Assuntos: DOENÇA DE CHAGAS, GENOMAS, ANTICORPOS, TRYPANOSOMA CRUZI
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ABNT
CARNERO, Luis Antonio Rodriguez et al. Anti-Trypanosoma cruzi antibody profiling in patients with Chagas disease treated with benznidazole assessed by genome phage display. Plos Neglected Tropical Diseases, v. 17, n. 1, p. 1-20 art. e0011019, 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0011019. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Carnero, L. A. R., Kuramoto, A., Oliveira, L. C. de, Monteiro, J. S., Setubal, J. C., Cunha Neto, E., et al. (2023). Anti-Trypanosoma cruzi antibody profiling in patients with Chagas disease treated with benznidazole assessed by genome phage display. Plos Neglected Tropical Diseases, 17( 1), 1-20 art. e0011019. doi:10.1371/journal.pntd.0011019
NLM
Carnero LAR, Kuramoto A, Oliveira LC de, Monteiro JS, Setubal JC, Cunha Neto E, Sabino EC, Giordano RJ. Anti-Trypanosoma cruzi antibody profiling in patients with Chagas disease treated with benznidazole assessed by genome phage display [Internet]. Plos Neglected Tropical Diseases. 2023 ; 17( 1): 1-20 art. e0011019.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0011019
Vancouver
Carnero LAR, Kuramoto A, Oliveira LC de, Monteiro JS, Setubal JC, Cunha Neto E, Sabino EC, Giordano RJ. Anti-Trypanosoma cruzi antibody profiling in patients with Chagas disease treated with benznidazole assessed by genome phage display [Internet]. Plos Neglected Tropical Diseases. 2023 ; 17( 1): 1-20 art. e0011019.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0011019
Artigo de periodico
COVID-19 induces more pronounced extracellular matrix deposition than other causes of ARDS (2023)
Costa, Natália de Souza Xavier ; Ribeiro Júnior, Gabriel ; Nascimento, Ellen Caroline Toledo do; Brito, Jôse Mára de; Antonangelo, Leila ; Faria, Caroline Silverio; Monteiro, Jhonatas Sirino ; Setubal, João Carlos ; Pinho, Joao Renato Rebello ; Pereira, Roberta Verciano; Seelaender, Marília Cerqueira ; Castro, Gabriela Salim Fereira de ; Lima, Joanna D. C. C; Monteiro, Renata Aparecida de Almeida; Duarte Neto, Amaro Nunes ; Saldiva, Paulo Hilário Nascimento ; Silva, Luiz Fernando Ferraz da ; Dolhnikoff, Marisa ; Mauad, Thais
Fonte: Respiratory Research. Unidades: FM, IQ, CEBIMAR
Assuntos: COVID-19, FIBROSE PULMONAR
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ABNT
COSTA, Natália de Souza Xavier et al. COVID-19 induces more pronounced extracellular matrix deposition than other causes of ARDS. Respiratory Research, v. 24, p. 1-11 art. 281, 2023Tradução . . Disponível em: https://dx.doi.org/10.1186/s12931-023-02555-7. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Costa, N. de S. X., Ribeiro Júnior, G., Nascimento, E. C. T. do, Brito, J. M. de, Antonangelo, L., Faria, C. S., et al. (2023). COVID-19 induces more pronounced extracellular matrix deposition than other causes of ARDS. Respiratory Research, 24, 1-11 art. 281. doi:10.1186/s12931-023-02555-7
NLM
Costa N de SX, Ribeiro Júnior G, Nascimento ECT do, Brito JM de, Antonangelo L, Faria CS, Monteiro JS, Setubal JC, Pinho JRR, Pereira RV, Seelaender MC, Castro GSF de, Lima JDCC, Monteiro RA de A, Duarte Neto AN, Saldiva PHN, Silva LFF da, Dolhnikoff M, Mauad T. COVID-19 induces more pronounced extracellular matrix deposition than other causes of ARDS [Internet]. Respiratory Research. 2023 ; 24 1-11 art. 281.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1186/s12931-023-02555-7
Vancouver
Costa N de SX, Ribeiro Júnior G, Nascimento ECT do, Brito JM de, Antonangelo L, Faria CS, Monteiro JS, Setubal JC, Pinho JRR, Pereira RV, Seelaender MC, Castro GSF de, Lima JDCC, Monteiro RA de A, Duarte Neto AN, Saldiva PHN, Silva LFF da, Dolhnikoff M, Mauad T. COVID-19 induces more pronounced extracellular matrix deposition than other causes of ARDS [Internet]. Respiratory Research. 2023 ; 24 1-11 art. 281.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://dx.doi.org/10.1186/s12931-023-02555-7
Dissertação (Mestrado)
Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem (2023)
Flores, Vinicius Sousa; Setubal, João Carlos (coorient) ; Da Silva, Aline Maria (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: COMPOSTAGEM, BACTERIÓFAGOS, GENOMAS, BIOINFORMÁTICA
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ABNT
FLORES, Vinicius Sousa. Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem. 2023. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09102023-164409/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Flores, V. S. (2023). Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09102023-164409/
NLM
Flores VS. Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem [Internet]. 2023 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09102023-164409/
Vancouver
Flores VS. Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagem [Internet]. 2023 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09102023-164409/
Tese (Doutorado)
Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica (2023)
Rodrigues, Remigio Cenepo Escobar; Setubal, João Carlos (coorient) ; Da Silva, Aline Maria (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: COMPOSTAGEM, BIOINFORMÁTICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
RODRIGUES, Remigio Cenepo Escobar. Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica. 2023. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2023. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04122023-211130/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Rodrigues, R. C. E. (2023). Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04122023-211130/
NLM
Rodrigues RCE. Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica [Internet]. 2023 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04122023-211130/
Vancouver
Rodrigues RCE. Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica [Internet]. 2023 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-04122023-211130/
Artigo de periodico
Oxygen-induced pathological angiogenesis promotes intense lipid synthesis and remodeling in the retina (2023)
Inague, Alex ; Alecrim, Lilian C ; Monteiro, Jhonatas Sirino ; Yoshinaga, Marcos Yukio ; Setubal, João Carlos ; Miyamoto, Sayuri ; Giordano, Ricardo José
Fonte: iScience. Unidades: IQ, CEBIMAR
Assuntos: NEOVASCULARIZAÇÃO PATOLÓGICA, RETINA, METABOLÔMICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
INAGUE, Alex et al. Oxygen-induced pathological angiogenesis promotes intense lipid synthesis and remodeling in the retina. iScience, v. 26, p. 1-22 art. 106777, 2023Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.106777. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Inague, A., Alecrim, L. C., Monteiro, J. S., Yoshinaga, M. Y., Setubal, J. C., Miyamoto, S., & Giordano, R. J. (2023). Oxygen-induced pathological angiogenesis promotes intense lipid synthesis and remodeling in the retina. iScience, 26, 1-22 art. 106777. doi:10.1016/j.isci.2023.106777
NLM
Inague A, Alecrim LC, Monteiro JS, Yoshinaga MY, Setubal JC, Miyamoto S, Giordano RJ. Oxygen-induced pathological angiogenesis promotes intense lipid synthesis and remodeling in the retina [Internet]. iScience. 2023 ; 26 1-22 art. 106777.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.106777
Vancouver
Inague A, Alecrim LC, Monteiro JS, Yoshinaga MY, Setubal JC, Miyamoto S, Giordano RJ. Oxygen-induced pathological angiogenesis promotes intense lipid synthesis and remodeling in the retina [Internet]. iScience. 2023 ; 26 1-22 art. 106777.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.106777
Artigo de periodico
Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma (2022)
Paixão, Vinicius Ferreira da ; Sosa, Omar Júlio ; Pellegrina, Diogo Vieira da Silva; Dazzani, Bianca; Corrêa, Thalita Bueno; Bertoldi, Ester Risério Matos; Moraes, Luís Bruno da Cruz e Alves de; Pessoa, Diogo de Oliveira ; Oliveira, Victoria de Paiva; Zevallos, Ricardo Alberto Chiong; Russo, Lilian Cristina ; Forti, Fabio Luis ; Ferreira, João Eduardo ; Freitas, Helano Carioca; Jukemura, José ; Machado, Marcel Cerqueira Cesar ; Begnami, María Dirlei; Setubal, João Carlos ; Bassères, Daniela Sanchez ; Reis, Eduardo Moraes
Fonte: Cellular Oncology. Unidades: IQ, IME, FM, Interunidades em Bioinformática
Assuntos: RNA, ADENOCARCINOMA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
PAIXÃO, Vinicius Ferreira da et al. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. Cellular Oncology, v. 45, n. 3, p. 479-504, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1007/s13402-022-00678-5. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Paixão, V. F. da, Sosa, O. J., Pellegrina, D. V. da S., Dazzani, B., Corrêa, T. B., Bertoldi, E. R. M., et al. (2022). Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma. Cellular Oncology, 45( 3), 479-504. doi:10.1007/s13402-022-00678-5
NLM
Paixão VF da, Sosa OJ, Pellegrina DV da S, Dazzani B, Corrêa TB, Bertoldi ERM, Moraes LB da C e A de, Pessoa D de O, Oliveira V de P, Zevallos RAC, Russo LC, Forti FL, Ferreira JE, Freitas HC, Jukemura J, Machado MCC, Begnami MD, Setubal JC, Bassères DS, Reis EM. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma [Internet]. Cellular Oncology. 2022 ; 45( 3): 479-504.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s13402-022-00678-5
Vancouver
Paixão VF da, Sosa OJ, Pellegrina DV da S, Dazzani B, Corrêa TB, Bertoldi ERM, Moraes LB da C e A de, Pessoa D de O, Oliveira V de P, Zevallos RAC, Russo LC, Forti FL, Ferreira JE, Freitas HC, Jukemura J, Machado MCC, Begnami MD, Setubal JC, Bassères DS, Reis EM. Annotation and functional characterization of long noncoding RNAs deregulated in pancreatic adenocarcinoma [Internet]. Cellular Oncology. 2022 ; 45( 3): 479-504.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1007/s13402-022-00678-5
Tese (Doutorado)
Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama (2022)
Monteiro, Jhonatas Sirino ; Giordano, Ricardo José (coorient) ; Setubal, João Carlos (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: RNA, REGULAÇÃO GÊNICA, NEOVASCULARIZAÇÃO PATOLÓGICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
MONTEIRO, Jhonatas Sirino. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama. 2022. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22112022-101941/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Monteiro, J. S. (2022). Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22112022-101941/
NLM
Monteiro JS. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama [Internet]. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22112022-101941/
Vancouver
Monteiro JS. Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mama [Internet]. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-22112022-101941/
Artigo de periodico
Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics (2022)
Palmeira, Ondina; Matos, Larissa R. B; Naslavsky, Michel ; Bueno, Heloisa Maria Siqueira ; Soler, Júlia Maria Pavan ; Setubal, João Carlos ; Zatz, Mayana
Fonte: iScience. Unidades: IB, IQ, IME, Interunidades em Bioinformática
Assuntos: BIOTA INTESTINAL, BEBÊS, RNA
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ABNT
PALMEIRA, Ondina et al. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics. iScience, v. 25, n. 3, p. 1-18 art. 103861, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103861. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Palmeira, O., Matos, L. R. B., Naslavsky, M., Bueno, H. M. S., Soler, J. M. P., Setubal, J. C., & Zatz, M. (2022). Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics. iScience, 25( 3), 1-18 art. 103861. doi:10.1016/j.isci.2022.103861
NLM
Palmeira O, Matos LRB, Naslavsky M, Bueno HMS, Soler JMP, Setubal JC, Zatz M. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics [Internet]. iScience. 2022 ; 25( 3): 1-18 art. 103861.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103861
Vancouver
Palmeira O, Matos LRB, Naslavsky M, Bueno HMS, Soler JMP, Setubal JC, Zatz M. Longitudinal 16S rRNA gut microbiota data of infant triplets show partial susceptibility to host genetics [Internet]. iScience. 2022 ; 25( 3): 1-18 art. 103861.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.103861
Artigo de periodico
Short-chain fatty acid acetate triggers antiviral response mediated by RIG-I in cells from infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis (2022)
Antunes, Krist H; Stein, Renato T; Franceschina, Caroline; Silva, Emanuelle F. da; Freitas, Deise N. de; Silveira, Josiane; Mocellin, Magali; Leitao, Lidiane; Fachi, José Luis; Pral, Laís Passariello ; Gonzalez, Amanda; Oliveira, Sarah; Duarte, Leonardo; Cassão, Gisele; Gonçalves, Joao I. B; Reis, Tatiane M; Abbadi, Bruno L; Dornelles, Maiele; Sperotto, Nathalia D. M; Rigo, Maurício; Rodrigues, Hosana; Guima, Suzana Eiko Sato ; Setubal, João Carlos
Fonte: eBioMedicine. Unidades: IQ, Interunidades em Bioinformática
Assuntos: ÁCIDOS GRAXOS, BRONQUIOLITE VIRAL, SISTEMA RESPIRATÓRIO, INFECÇÕES RESPIRATÓRIAS
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ABNT
ANTUNES, Krist H et al. Short-chain fatty acid acetate triggers antiviral response mediated by RIG-I in cells from infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis. eBioMedicine, v. 77, p. 1-17 art. 103891, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.103891. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Antunes, K. H., Stein, R. T., Franceschina, C., Silva, E. F. da, Freitas, D. N. de, Silveira, J., et al. (2022). Short-chain fatty acid acetate triggers antiviral response mediated by RIG-I in cells from infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis. eBioMedicine, 77, 1-17 art. 103891. doi:10.1016/j.ebiom.2022.103891
NLM
Antunes KH, Stein RT, Franceschina C, Silva EF da, Freitas DN de, Silveira J, Mocellin M, Leitao L, Fachi JL, Pral LP, Gonzalez A, Oliveira S, Duarte L, Cassão G, Gonçalves JIB, Reis TM, Abbadi BL, Dornelles M, Sperotto NDM, Rigo M, Rodrigues H, Guima SES, Setubal JC. Short-chain fatty acid acetate triggers antiviral response mediated by RIG-I in cells from infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis [Internet]. eBioMedicine. 2022 ; 77 1-17 art. 103891.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.103891
Vancouver
Antunes KH, Stein RT, Franceschina C, Silva EF da, Freitas DN de, Silveira J, Mocellin M, Leitao L, Fachi JL, Pral LP, Gonzalez A, Oliveira S, Duarte L, Cassão G, Gonçalves JIB, Reis TM, Abbadi BL, Dornelles M, Sperotto NDM, Rigo M, Rodrigues H, Guima SES, Setubal JC. Short-chain fatty acid acetate triggers antiviral response mediated by RIG-I in cells from infants with respiratory syncytial virus bronchiolitis [Internet]. eBioMedicine. 2022 ; 77 1-17 art. 103891.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.103891
Artigo de jornal
Os grandes desafios do projeto genoma da X. fastidiosa (2022)
Simpson, Andrew; Setubal, João Carlos
Fonte: Agência FAPESP. Unidade: IQ
Assuntos: SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, GENOMAS, FITOPATÓGENOS
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ABNT
SIMPSON, Andrew e SETUBAL, João Carlos. Os grandes desafios do projeto genoma da X. fastidiosa. Tradução . Agência FAPESP, São Paulo, 2022. Disponível em: https://agencia.fapesp.br/os-grandes-desafios-do-projeto-genoma-da-ix-fastidiosa-i/39808/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Simpson, A., & Setubal, J. C. (2022). Os grandes desafios do projeto genoma da X. fastidiosa. Agência FAPESP. São Paulo: FAPESP. Recuperado de https://agencia.fapesp.br/os-grandes-desafios-do-projeto-genoma-da-ix-fastidiosa-i/39808/
NLM
Simpson A, Setubal JC. Os grandes desafios do projeto genoma da X. fastidiosa [Internet]. Agência FAPESP. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://agencia.fapesp.br/os-grandes-desafios-do-projeto-genoma-da-ix-fastidiosa-i/39808/
Vancouver
Simpson A, Setubal JC. Os grandes desafios do projeto genoma da X. fastidiosa [Internet]. Agência FAPESP. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://agencia.fapesp.br/os-grandes-desafios-do-projeto-genoma-da-ix-fastidiosa-i/39808/
Tese (Doutorado)
Machine learning prediction in genomic sequences of prokaryotic viruses from metagenomic datasets (2022)
Amgarten, Deyvid Emanuel ; Setubal, João Carlos (Orientador) ; Da Silva, Aline Maria (coorient)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: APRENDIZADO COMPUTACIONAL, BACTERIÓFAGOS, VÍRUS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
AMGARTEN, Deyvid Emanuel. Machine learning prediction in genomic sequences of prokaryotic viruses from metagenomic datasets. 2022. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17022022-091454/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Amgarten, D. E. (2022). Machine learning prediction in genomic sequences of prokaryotic viruses from metagenomic datasets (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17022022-091454/
NLM
Amgarten DE. Machine learning prediction in genomic sequences of prokaryotic viruses from metagenomic datasets [Internet]. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17022022-091454/
Vancouver
Amgarten DE. Machine learning prediction in genomic sequences of prokaryotic viruses from metagenomic datasets [Internet]. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-17022022-091454/
Artigo de periodico
vHULK, a new tool for bacteriophage host prediction based on annotated genomic features and deep neural networks (2022)
Amgarten, Deyvid Emanuel ; Iha, Bruno Koshin Vásquez ; Piroupo, Carlos Morais ; Da Silva, Aline Maria ; Setubal, João Carlos
Fonte: bioRxiv. Unidades: IQ, Interunidades em Bioinformática
Assuntos: BACTERIÓFAGOS, REDES NEURAIS, GENÔMICA
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
AMGARTEN, Deyvid Emanuel et al. vHULK, a new tool for bacteriophage host prediction based on annotated genomic features and deep neural networks. bioRxiv, p. 1-16, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1101/2020.12.06.413476. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Amgarten, D. E., Iha, B. K. V., Piroupo, C. M., Da Silva, A. M., & Setubal, J. C. (2022). vHULK, a new tool for bacteriophage host prediction based on annotated genomic features and deep neural networks. bioRxiv, 1-16. doi:10.1101/2020.12.06.413476
NLM
Amgarten DE, Iha BKV, Piroupo CM, Da Silva AM, Setubal JC. vHULK, a new tool for bacteriophage host prediction based on annotated genomic features and deep neural networks [Internet]. bioRxiv. 2022 ; 1-16.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1101/2020.12.06.413476
Vancouver
Amgarten DE, Iha BKV, Piroupo CM, Da Silva AM, Setubal JC. vHULK, a new tool for bacteriophage host prediction based on annotated genomic features and deep neural networks [Internet]. bioRxiv. 2022 ; 1-16.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1101/2020.12.06.413476
Dissertação (Mestrado)
O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) (2022)
Gouvea, Natalia Nakamura; Setubal, João Carlos (Orientador)
Unidade: Interunidades em Bioinformática
Assuntos: AGAR, ALGAS, GENOMAS, GENÔMICA, MACROALGAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
GOUVEA, Natalia Nakamura. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales). 2022. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2022. Disponível em: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Gouvea, N. N. (2022). O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/
NLM
Gouvea NN. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) [Internet]. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/
Vancouver
Gouvea NN. O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales) [Internet]. 2022 ;[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-21032022-114006/
Artigo de periodico
Genomic characterization of Bacillus safensis isolated from mine tailings in Peru and evaluation of its cyanide-degrading enzyme CynD (2022)
Arévalo, Santiago Justo ; Sifuentes, Daniela Zapata ; Portocarrero, Andrea Cuba; Reátegui, Michella Brescia; Pimente, Claudia Monge; Martins, Layla Farage; Pierry, Paulo Marques ; Piroupo, Carlos Morais ; Cruz, Alcides Guerra Santa; Aguilar, Mauro Quiñones; Farah, Chuck Shaker ; Setubal, João Carlos ; Da Silva, Aline Maria
Fonte: Applied and Environmental Microbiology. Unidade: IQ
Assuntos: GENÔMICA, SEQUENCIAMENTO GENÉTICO, ENZIMAS, BACTÉRIAS GRAM-POSITIVAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
ARÉVALO, Santiago Justo et al. Genomic characterization of Bacillus safensis isolated from mine tailings in Peru and evaluation of its cyanide-degrading enzyme CynD. Applied and Environmental Microbiology, v. 88, n. 14, p. 1-14, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1128/aem.00916-22. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Arévalo, S. J., Sifuentes, D. Z., Portocarrero, A. C., Reátegui, M. B., Pimente, C. M., Martins, L. F., et al. (2022). Genomic characterization of Bacillus safensis isolated from mine tailings in Peru and evaluation of its cyanide-degrading enzyme CynD. Applied and Environmental Microbiology, 88( 14), 1-14. doi:10.1128/aem.00916-22
NLM
Arévalo SJ, Sifuentes DZ, Portocarrero AC, Reátegui MB, Pimente CM, Martins LF, Pierry PM, Piroupo CM, Cruz AGS, Aguilar MQ, Farah CS, Setubal JC, Da Silva AM. Genomic characterization of Bacillus safensis isolated from mine tailings in Peru and evaluation of its cyanide-degrading enzyme CynD [Internet]. Applied and Environmental Microbiology. 2022 ; 88( 14): 1-14.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1128/aem.00916-22
Vancouver
Arévalo SJ, Sifuentes DZ, Portocarrero AC, Reátegui MB, Pimente CM, Martins LF, Pierry PM, Piroupo CM, Cruz AGS, Aguilar MQ, Farah CS, Setubal JC, Da Silva AM. Genomic characterization of Bacillus safensis isolated from mine tailings in Peru and evaluation of its cyanide-degrading enzyme CynD [Internet]. Applied and Environmental Microbiology. 2022 ; 88( 14): 1-14.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1128/aem.00916-22
Artigo de periodico
Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans (2022)
Marquioni, Vinícius ; Rossi, Fernando Pacheco Nobre ; Mendonça, Déborah Cezar; Martins, Layla Farage; Behlau, Franklin; Setubal, João Carlos ; Da Silva, Aline Maria ; Novo-Mansur, Maria Teresa Marques
Fonte: PLOS One. Unidades: IQ, Interunidades em Bioinformática, IFSC
Assuntos: CANCRO (DOENÇA DE PLANTA), XANTHOMONAS, FRUTAS CÍTRICAS
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
ABNT
MARQUIONI, Vinícius et al. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans. PLOS One, v. 17, n. 4, p. e0266891-1-e0266891-19 + supporting information, 2022Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0266891. Acesso em: 08 out. 2025.
APA
Marquioni, V., Rossi, F. P. N., Mendonça, D. C., Martins, L. F., Behlau, F., Setubal, J. C., et al. (2022). Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans. PLOS One, 17( 4), e0266891-1-e0266891-19 + supporting information. doi:10.1371/journal.pone.0266891
NLM
Marquioni V, Rossi FPN, Mendonça DC, Martins LF, Behlau F, Setubal JC, Da Silva AM, Novo-Mansur MTM. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans [Internet]. PLOS One. 2022 ; 17( 4): e0266891-1-e0266891-19 + supporting information.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0266891
Vancouver
Marquioni V, Rossi FPN, Mendonça DC, Martins LF, Behlau F, Setubal JC, Da Silva AM, Novo-Mansur MTM. Isolation and characterization of vB_XciM_LucasX, a new jumbo phage that infects Xanthomonas citri and Xanthomonas fuscans [Internet]. PLOS One. 2022 ; 17( 4): e0266891-1-e0266891-19 + supporting information.[citado 2025 out. 08 ] Available from: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0266891

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